根据《中共中央办公厅国务院办公厅关于印发<吉林省人民政府机构改革方案>的通知》（厅字[2003]44号），在省药品监督管理局基础上组建省 食品药品监督管理局。省食品药品监督管理局是省政府综合监督食品、保健品、化妆品安全管理和主管药品监管的直属机构。按照国家规定，省以下食品药品监督管理系统实行垂直管理体制。
　　主要职责：
　　（一）组织实施国家食品、保健品、化妆品安全管理方面的法律、行政法规；组织有关部门起草食品、保健品、化妆品安全管理方面的地方性行政法规、规章并监督实施；组织有关部门制定食品、保健品、化妆品安全管理的综合监督政策、工作规划并监督实施。

　　 （二）依法行使食品、保健品、化妆品安全管理的综合监督职责，组织协调有关部门承担的食品、保健品、化妆品安全监督工作。

　　 （三）依法组织开展对食品、保健品、化妆品等重大安全事故的查处；根据省政府授权，组织协调开展全省食品、保健品、化妆品安全的专项执法监督活动；组织协调和配合有关部门开展食品、保健品、化妆品安全重大事故应急救援工作。

　　 （四）综合协调食品、保健品、化妆品安全的检测和评价工作；会同有关部门制定食品、保健品、化妆品安全监管信息发布办法并监督实施，综合有关部门的食品、保健品、化妆品安全信息并定期向社会发布。

　　 （五）组织实施国家药品管理的法律、行政法规；组织起草地方性药品管理的行政法规、规章并监督实施；依法实施中药品种保护制度和药品行政保护制度。

　　 （六）组织实施国家医疗器械管理的法律、行政法规；负责医疗器械产品的初审和监督管理；贯彻执行有关国家标准，组织实施国家医疗器械产品标准、生产质量管理规范；依法核发医疗器械生产、经营企业许可证。

　　 （七）负责对新药研制、仿制药品、中药保护品种的初审工作，监督执行国家药品标准；监督执行国家保健品市场准入标准，负责保健品的初审工作；制定处方药和非处方药分类管理制度，建立和完善药品不良反应检测制度，负责药品再评价、淘汰药品的初审和制定全省基本药物目录的工作；依法核发药品、保健品生产企业、经营企业及医疗单位制剂许可证。

　　 （八）监督实施国家药品研究、生产、流通、使用方面的质量管理规范。

　　 （九）监督生产、经营企业和医疗机构的药品、医疗器械质量，定期发布全省药品、医疗器械质量公报；依法查处制售假劣药品、医疗器械等违法行为。

　　 （十）依法监管放射性药品、麻醉药品、毒性药品、精神药品及特种药械。

　　 （十一）负责执业药师资格培训、注册及继续教育工作；负责执业药师施教机构资质认定工作。

　　 （十二）知道全省药品监督管理和食品、保健品、化妆品安全管理的综合监督工作。

　　 （十三）开展药品监督管理和食品、保健品、化妆品安全管理有关的交流与合作。

　　 （十四）承办省政府交办的其他事项。